Encaramada en la ladera de la Peña del Morral, la Basílica de la Virgen de la Peña – probablemente el primer templo religioso con esta calificación en España- es una de las señas de identidad del paisaje de Graus y Ribagorza.
Una compraventa fechada en el año 1186 ya documenta la existencia en este lugar de una pequeña iglesia románica, de la que persiste un lienzo con un estrecho vano en el muro occidental del templo actual. La iglesia se ubica en el interior del primitivo recinto defensivo musulmán, conquistado por el rey de Aragon Sancho Ramírez en 1083, y donado, junto con la villa y el término de Graus, al monasterio de San Victorián.
En 1537 el Concejo de Graus solicita autorización a Roma para edificar, en el solar de la primitiva iglesia, una basílica que tendría los mismos privilegios e indulgencias que la de San Juan de Letrán de Roma, a cuya jurisdicción estaría sometida, y que sería propiedad de la villa de Graus.
Concedido el permiso, las obras de la basílica se iniciaron en 1538 y a lo largo de 20 años se fueron sucediendo diversas fases de construcción. Probablemente empezaron bajo la dirección de Juan de Zeant y Juan de Marta, sobre planos de José Porc. En 1553, Juan de Pomar, abad de San Victorián, contrató a Vicente Arnau Diego y a Joan Tellet para finalizar la obra en la iglesia, el atrio y la escalera de acceso.
El acceso a la iglesia se realiza por un atrio con rica decoración renacentista. Su interior es de planta rectangular dividido en tres tramos y cubiertos por bóvedas estrelladas reconstruidas tras el incendio sucedido en la Guerra Civil de 1936. A la izquierda del altar está el sepulcro del obispo Esteban de Esmir, hijo de Graus y mecenas de la basílica. En el presbiterio está imagen de la Virgen de la Peña realizada por el escultor grausino Felipe Coscolla, copia de la original destruida también para la guerra civil. El crucifijo de madera situado en la cabecera es obra del escultor Modest Gené. El muro este posee un rosetón de tracería gótica y la torre campanario es de planta hexagonal.
La capilla de San Juan de Letrán es posterior, iniciada en 1581, destaca por su sobria portada. De pequeñas dimensiones, contiene un retablo barroco de San Juan Evangelista.
Pero la zona más espectacular del conjunto arquitectónico es el claustro. Construido fundamentalmente durante la primera mitad del siglo XVII, está formado por una galería mirador que se abre al valle en 17 arcos con columnas de estilo barroco. Otros seis arcos de medio punto rebajado cierran hacia el interior con capiteles en los que pueden leerse unas curiosas inscripciones griegas, aforismos y oráculos del templo griego de Delfos: “Dirígete a lo de arriba”, “Piensa en lo de arriba”, “Nada en demasía”, “Conócete a ti mismo”, “Con Dios”.
Sobre el claustro se edificó la casa-hospital, usada como residencia obispal y actualmente destinada a albergar un Museo de Iconos. Se trata de una excelente colección de originales y copias representativos de las distintas escuelas y tradiciones iconográficas ortodoxas de Oriente y Occidente.